3年後の進路実現を目標として、コース制を採用しています。入試の点数でコースが決まりますが、どのコースに在籍しても勉強と部活動は両立できます。ただし医科系コースとスーパー選抜コースは原則として2年次の秋に早期引退し受験に集中することができます。個人の力に応じたコースを選択することで授業の理解度が高まりますし、コースによって学習の難易度や課題の量も変わります。特別進学Ⅰ・Ⅱ類コースは基礎学力の定着を念頭に置きながらしっかり教科指導します。選抜コースでは、勉強も部活動も頑張りたい人にはお勧めです。学習面では基礎的学力のみならず応用力や深い思考力の育成を目標とします。スーパー選抜コースでは、九州大学以上の難関国公立大学を目指す高い学力の育成を目標とします。進度も他コースに比べると速くなります。医科系コースは、スーパー選抜コースと同レベルの授業に加え、放課後や土曜日午後を利用して行う特別プログラムで将来医療人として必要な資質を確実に養成していきます。

コース制による個々のレベルに合った教育カリキュラムにより、高校３年次には自分の実力や目的に応じて余裕をもった大学受験が可能になります。特に最近では国公立・私立問わず、総合型選抜や学校型選抜、指定校推薦による受験で大学進学を希望する生徒も増えています。その結果、難関国公立大学のみならず、関東や関西の国公立大や難関私大さらに地元の福岡大学や西南学院大学などにも毎年数多く合格しています。医科系コースも設置したことで、現役生で国立大学医学科に合格するなど、ここ数年は医歯薬系の大学や看護系大学の合格も年々増加しています。

本校では、高校から八女学院高等学校へ入学してくる生徒のことを「学院生」と呼んでいます。高校部には学院生と中高一貫生が在籍していますが、その在籍比率はほぼ同じで、１学年におよそ２４０名の高校の生徒がいますがその半分が学院生です。学院生にとっても一貫生にとってもこの比率はとてもバランスが良く、ホームルームは別ですが、クラブ活動や課外活動などは共に過ごしますのでお互いにいい刺激を与え合えますし、学習面でも切磋琢磨できますので安心できます。